https://www.math.univ-paris13.fr/applications/seminaires/rss//rss.php Les dernières séminaires directement par flux RSS Wed, 01 Jan 2014 00:00:00 +0100 Mon, 26 Jun 2023 00:00:00 +0200 webmaster@math.univ-paris13.fr (LAGA) (C) Copyright 2023 - www.math.univ-paris13.fr Powered with RSSFeed fr https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Saoussen Latrach Fri, 12 May 2023 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Thanh Mai Pham Ngoc The first scheme considers the observation of cell evolution up to a certain time T and we obtain the whole tree of divisions. The second observational scheme takes into account the case where the division tree is no longer completely observed. The division kernel then depends on the density of the observations, itself a solution of a growth fragmentation PDE. We will apply non-parametric statistical techniques in connection with the solution of inverse problems in order to estimate the kernel of divisions in both contexts and we will study the theoretical properties of the proposed estimators. Fri, 12 May 2023 13:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Jean-Marie Mirebeau Dans cet exposé je présenterai des méthodes numériques de résolution de variantes de l'équation eikonale, permettant de calculer les chemins minimisant globalement certaines mesures de longueur. L'approche, motivée par des applications en segmentation, est assez souple pour permettre l'introduction d'anisotropie, d'une pénalisation de la courbure des chemins, ou encore pour forcer ceux-ci à tourner toujours du même côté. Fri, 24 Mar 2023 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Élie Cerf Fri, 10 Mar 2023 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Frédérique Noël Mon, 06 Mar 2023 12:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Gautier Stoll I will present a suite of software tools that can efficiently model signaling pathways in various biological contexts (eg cancer, immune response). It is based on Boolean activity of genes/proteins within continuous time Markov chain(s). After a short introduction of signaling pathways in cancer/immune response, I will present the different modeling tools with concrete applications in biology.Sites web:https://www.crcordeliers.fr/equipes/metabolisme-cancer-et-immunite/ http://www.kroemerlab.com/ <style type="text/css">p { margin-bottom: 0.25cm; direction: ltr; color: #000000; line-height: 115%; text-align: left; orphans: 2; widows: 2; background: transparent }p.western { font-family: "Liberation Serif", serif; font-size: 12pt; so-language: en-US }p.cjk { font-family: "Noto Serif CJK SC"; font-size: 12pt; so-language: zh-CN }p.ctl { font-family: "Lohit Devanagari"; font-size: 12pt; so-language: hi-IN }</style> Fri, 17 Feb 2023 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Tabea Rebafka We present results of our method obtained for a collection of foodwebs in ecology. We illustrate that the method provides relevant clusterings and that the estimated model parameters are highly interpretable and useful in practice. Fri, 10 Feb 2023 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Felix Cheysson Fri, 27 Jan 2023 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires NGUYEN Thi Quynh Nga Fri, 20 Jan 2023 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Nguyen Tan Sy Fri, 16 Dec 2022 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Sébastien Li-Thiao-Té Durant la thèse de doctorat, un étudiant acquiert des compétences professionnelles : lire un article, présenter des travaux, discuter de la portée des résultats, etc. La plupart du temps, cette maturité scientifique s'obtient par l'expérience, sur le tas, et parfois laborieusement. Nous proposons ici 10 règles simples et applicables pour aider les étudiants à aller plus loin dans leur travail de recherche. Fri, 02 Dec 2022 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Thanh Mai Pham Ngoc Le premier schéma considère l’observation de l’évolution des cellules jusqu’à un certain temps T et nous obtenons l’arbre entier des divisions. Le deuxième schéma observationnel prend en compte le cas où l’arbre des divisions n’est plus complètement observé. Le noyau de division dépend alors de la densité des observations, elle-même solution d’une EDP de transport fragmentation. Nous appliquerons des techniques de statistiques non-paramétriques en lien avec la résolution de problèmes inverses afin d’estimer le noyau de divisions dans les deux contextes et nous nous attacherons à étudier les propriétés théoriques des estimateurs proposés.Il s’agit d’un travail en collaboration avec V. H. Hoang, V. Rivoirard et V. C. Tran Fri, 18 Nov 2022 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Magali Ribot Fri, 10 Jun 2022 11:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Luca Alasio Fri, 15 Apr 2022 11:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Matthieu Clertant Les trente dernières années ont vu une implication grandissante des statisticiens dans la mise en place du design des phases récoces d’essais cliniques en oncologie. Alors qu’il est généralement admis que les ancien et standard design « 3+3 », une nouvelle question se pose aux cliniciens : comment choisir, parmi les nouvelles propositions, celle ns Don propose ermet de les regrouper en trois classes. plusétudierss Dans un second temps, on s’intéresse à lrelative Celle-cid’essais cliniques fictifs générés sous un scénario le scénario est constitué probabilité de toxicité associées à s. Ce cadre comparatif introduit par Storer en 1989 a permis la mise en place des designs modernes, mais il manque désormais de précision et de rigueur. set pour les mêmes critèresest la meilleuremettra en avant l méthode BIl est possibleLes évaluations obtenues sont sans bruit, non-biaisées et reproductibles. Cela nécessite de changer notre point de vue en étudiant directement les essais cliniques générés, erécapitulativesaux études cas-témoins appariées ou aux essais cliniques croisés. Fri, 08 Apr 2022 13:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Katia Aït Ameur On s’intéresse à des modèles aux moments décrivant la dynamique de brouillards de gouttes. Cette dynamique est représentée par une fonction de distribution f de gouttes suivant l’équation de Williams Boltzmann. Compte tenu du coût de calcul requis pour la résolution numérique de l’équation de Williams Boltzmann, on dérive des modèles macroscopiques basés sur les moments en taille de goutte et en vitesse de la fonction de distribution f. De manière classique, les modèles aux moments pour les sprays sont faiblement hyperboliques et génèrent des singularités de type ?-choc qui sont difficiles à capturer par les schémas numériques. La difficulté est d’assurer que le vecteur de moments calculé par le schéma numérique, appartient à l’espace convexe des moments. Ceci est d’une importance majeure car la fonction de distribution f est explicitement reconstruite à partir des moments. Cette propriété est appelée réalisabilité. Le but ici est de développer des schémas numériques d’ordre élevé en espace et en temps, précis, robustes et préservant les espaces convexes. On considère deux familles de schémas numériques : les schémas volumes finis cinétiques et les schémas Galerkin discontinus d’ordre élevé. Ces schémas génèrent des oscillations non physiques autour des discontinuités et un moyen d’y remédier est d’utiliser des limiteurs de pente. L’enjeu ici est d’amortir ces oscillations suffisamment pour assurer la réalisabilité et la stabilité sans que l’ordre de la méthode numérique ne soit impacté. Fri, 25 Mar 2022 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Caroline Chaux Séparation de sources : travail conjoint avec S. Anthoine, A. Cherni et B. Torrésani dans le cadre du projet bifrostFactorisation de tenseur : travail conjoint avec X. Vu, N. Thirion-Moreau, S. Maire  Fri, 25 Mar 2022 11:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Yousri Slaoui Dans la première partie, nous utilisons des algorithmes stochastiques, afin de construire des estimateurs récursifs. L'intérêt majeur de ces séquentielle sans être obligé de stoker en mémoire toutes les observations passées.Dans la troisième partie, nous abordons le problème de la classification supervisée de courbes, nous soulignons le gain del'utilisation des approches récursives en utilisant des données simulées et ensuite des données réelles. issu du domaine de la Psychologie plus précisément en électroencéphalographie (EEG) qui souligne l’intérêt pratique de la Fri, 18 Mar 2022 11:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Valentin De Bortoli -arxiv link: https://arxiv.org/abs/2106.01357-code: https://github.com/JTT94/diffusion_schrodinger_bridge Fri, 11 Mar 2022 11:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Florimond Guéniat Fri, 18 Feb 2022 11:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Laura Kanzler Fri, 11 Feb 2022 11:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Alexandre Poulain (click here for the video) Fri, 04 Feb 2022 11:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Édouard Pauwels Fri, 21 Jan 2022 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Alexis Léculier Fri, 21 Jan 2022 11:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Joan Alexis Glaunès Le thème général de cet exposé est le recalage difféomorphique et la construction d'atlas, avec des applications principalement en analyse d'images médicales. Je présenterai d'abord des modèles issus de la théorie géométrique de la mesure: courants, varifolds et cycles normaux, permettant de construire des termes d'attache pour le recalage de données géométriques extraites des images. J'évoquerai ensuite deux projets applicatifs en cours, sur la labellisation automatique d'arbres vasculaires et sur le recalage d'IRM cérébraux avec glioblastomes. Enfin, je parlerai également de la librairie de calcul KeOps, développée initialement pour le calcul rapide des opérations de convolution qui sont au coeur de ces algorithmes de recalage, mais qui trouve son utilité dans un cadre beaucoup plus général. Fri, 14 Jan 2022 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Sophie Pénisson Pourquoi les virus sont-ils si fragiles ?  S'ils subissent de nouvelles mutations à chaque cycle de réplication, pourquoi les génomes des virus à ARN sont-ils si fragiles, la plupart des mutations étant soit fortement délétères, soit létales? Nous fournissons ici des preuves théoriques de l'hypothèse selon laquelle la fragilité génétique évolue en raison des goulots d'étranglement omniprésents que connaissent les populations virales à différents stades de leur cycle de vie. En modélisant les populations virales intra-hôte par des processus de branchement, nous montrons que la fragilité mutationnelle augmente de manière contre-intuitive la probabilité de survie à travers ces multiples goulots d'étranglement, ainsi que la fitness moyenne asymptotique de la population. Ces conclusions sont basées sur des résultats pour des processus de branchement réductibles avec une infinité de types.  Dans le cadre d'un modèle épidémiologique compartimental SEIR, nous constatons que le taux d'attaque des souches virales fragiles peut dépasser celui des souches plus robustes, en particulier pour de faibles infectiosités et des taux de mutation élevés. Nos résultats soulignent l'importance des événements démographiques tels que les goulets d'étranglement lors de la transmission dans le façonnement de l'architecture génétique des pathogènes viraux. Tue, 11 Jan 2022 10:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Gwenaël Peltier When the environment is heterogeneous, the situation is much more complex. Depending on the profile of heterogeneities, the invasion may be either slowed or completely blocked. In some cases, the population adaption to the local environment is crucial for invasion to occur. We first consider a linear profile of heterogeneities, and then investigate the fully nonlinear case numerically as well as analytically (in a perturbative framework for the latter). Fri, 07 Jan 2022 11:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Safaa Al Ali Inflammatory bowel disease (IBD) encompasses two major type of digestive tract disorders: Crohn’s disease (CD) and Ulcerative Colitis disease (UC).  To evaluate disease severity, gastroenterologists visualize the intestinal inner wall using Wireless Capsule Endoscopy (WCE) in the case of CD, and colonoscopy in the case for UC. The obtained endoscopic videos usually present a huge amount of images to analyze in order to detect lesions as bleeding, ulcers and erosion and thereby assess disease activity and make treatment decisions. But this procedure requires an experienced doctor who may spend very long time to review the video. In this talk, we propose an algorithm  to automatically detect endoscopic lesions and a modified sensitivity to count for doctors annotation errors in our database. In addition, we use the class of reaction-diffusion equations to model the spatial distribution of the lesions and then estimate the long time behavior of the disease.  Due to the collaboration between LAGA and Bichat-Beaujon hospitals (Éric Ogier Denis and Xavier Tréton), all the presented results concern colonoscopy videos for UC patients. Fri, 18 Jun 2021 13:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Jorge Estrada En raison du nombre de maladies qu'ils transmettent, les moustiques sont considérés comme l'une des plus dangereuses espèces animales pour les humains. La technique des insectes stériles (SIT) est une méthode classique de lutte antivectorielle qui a été appliqué avec succès contre diverses invasions d'insectes depuis les années 1950. Ces dernières années, plusieurs pays ont utilisé le SIT pour contrôler les populations de moustiques, afin de limiter la propagation des maladies. La SIT classique consiste en la relâche d'un grand nombre de moustiques mâles stérilisés, ce qui entraîne une réduction progressive de la population totale. Sur la base du modèle ODE dans [1], nous présentons un modèle PDE qui représente la libération de moustiques mâles stériles dans une zone limitée dans une zone plus grande contenant une population de moustiques naturels. Nous souhaitons contrôler la population à l'intérieur de la région de relâche et bloquer la ré-invasion des moustiques provenant de l'extérieur. Nous adaptons la méthode géométrique de Lewis & Keener [2] et étendons leur résultat principal, pour trouver des relations sur la taille de la région de libération et la densité des mâles stériles libérés qui nous permettront d'accomplir cela. Nous effectuons des simulations numériques pour le modèle spatial afin d'observer la présence d'un blocage des vagues pour une libération suffisamment importante de mâles stériles. Nous simulons également plusieurs stratégies de relâches de moustiques pour le modèle ODE. [1] M. Strugarek, H. Bossin, Y. Dumont, On the use of the sterile insect technique or the incompatible insect technique to reduce or eliminate mosquito populations, Applied Mathematical Modelling, 2019 68 : 443{470. [2] T.J. Lewis, J.P. Keener, Wave-block in excitable media due to regions of depressed excitability, SIAM J. Appl. Math. 61 (2000), 293-316. Tue, 11 May 2021 13:20:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Samar Allouch Tue, 11 May 2021 13:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Guillemette Chapuisat Fri, 02 Apr 2021 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Sébastien Li-Thiao-Té Fri, 19 Mar 2021 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Ian Morilla & Alexy Tran Dinh Lung transplantation is the treatment of last resort that may be offered to selected patients with end-stage pulmonary disease. Acute cell rejection (ACR) is common complication that have nearly the 30% of lung transplant recipients within the first year of follow-up. The development of surrogate markers that could help identify recipients at risk of developing ACR would be a major diagnostic aid to the clinician. CD31, the receptor most represented on the endothelial surface, is cleaved and released into the plasma upon endothelial activation and is therefore a powerful biomarker of endothelial dysfunction. We evaluated the contribution of artificial intelligence in the prediction of the risk of rejection after lung transplantation using early soluble CD31 plasma levels in combination with recipient hematosis as measured by PaO2/FiO2. To this end, a deep convolutional neural network is useful to reconstruct the underlying non-linear behaviour of CD31 portrayed as time series. Finally, based on this model we are able to build a risk predictor of ACR with an associated percentage    of accuracy to each individual. Tue, 09 Feb 2021 13:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Émeric Bouin anomalousit is a governed by a fractional diffusion equation. Lebeau and Puel proved last year the first similar result for Fokker-Planck operator, in dimension 1 and assuming that the equilibrium distribution has finite mass. Fournier and Tardif gave an alternative probabilistic proof, more general (covering any dimension and infinite-mass equilibrium distribution) but non-constructive. We present a unified elementary approach, fully quantitative, that covers all previous cases as well as new ones. This is a joint work with Clément Mouhot (University of Cambridge). Tue, 05 Jan 2021 13:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Dylan Dronnier Dans une population homogène, le nombre de reproduction de base, noté R0, est défini comme le nombre attendu de cas directement générés par une personne contagieuse quand tous les autres individus sont sensibles à l'infection. Ce nombre joue un rôle fondamental en épidémiologie puisqu'il donne un seuil pour déterminer si l'épidémie va finir par disparaître (cas R0 < 1) ou, au contraire, devenir endémique (cas R0 > 1). De cette propriété, on déduit que si une proportion 1 -1/R0 de la population est immunisée (par vaccination par exemple) alors on parvient à éliminer l'infection. Cette dernière quantité est appelée seuil d'immunité collective de la population. Elle est souvent prise en compte pour évaluer l'efficacité d'une politique sanitaire (dans la gestion de la COVID-19 par exemple). Quand les contacts dans la population ne sont plus homogènes, le nombre de reproduction de base est défini comme le nombre de cas directement générés par une personne infectée typique quand tous les autres individus sont sensibles à l'infection. Le seuil d'immunité collective 1-1/R0 reste encore valide quand on vaccine la population uniformément. Il est cependant naturel de se demander si l'on ne pourrait pas baisser ce seuil en ciblant certains groupes dans la population. Dans la première partie de l'exposé, je présenterai un modèle SIS (Susceptible -> Infecté -> Susceptible) en dimension infinie avec vaccination. Ce modèle servira de base pour défnir les stratégies optimales de vaccination. Dans la seconde partie, je donnerai des exemples où les solutions du problème de vaccination optimales sont explicites. Tue, 24 Nov 2020 13:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Marion Darbas Dans cet exposé, je présenterai des résultats liés à des applications en imagerie cérébrale qui utilisent la propagation des ondes électromagnétiques. Chacune d’entre elles nous amène à résoudre un problème inverse. La première concerne l’électroencéphalographie chez le nouveau-né et la localisation de sources épileptiques. La seconde pose la question du diagnostic d’accidents vasculaires cérébraux par imagerie micro-ondes et est basée sur la résolution d'un problème inverse de coefficients diélectriques. Enfin, je dirai quelques mots sur la tomographie par impédance électrique. Tue, 10 Nov 2020 13:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Sébastien Li-Thiao-Té Écrire un papier, développer un code source, monter un projet, sont des tâches qui font intervenir les mêmes processus de travail. Notamment, ces travaux nécessitent la collaborations de plusieurs contributeurs, qui proposent du texte, des modifications, et commentent les propositions de leurs pairs. La plupart des mathématiciens connaissent LaTeX, voire Overleaf, qui sont des outils déjà anciens. Quels sont les avantages / améliorations apportées par les outils modernes, notamment l'intégration continue (CI/CD) ? Je présenterai Git et GitLab (disponibles notamment sur Mathrice), et comment on peut les utiliser concrètement pour collaborer dans un groupe de recherche. Mon, 06 Jul 2020 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Marie Postel Je présenterai les résultats d'un travail interdisciplinaire avec des biologistes de l'IBPS qui a débouché sur un modèle mathématique de la  neurogenèse corticale. Ce processus embryonnaire combine les divisions de cellules progénitrices de deux principaux types. Les effectifs, taux de divisions et durées de cycles de ces progéniteurs conditionnent l'effectif final de neurones. Pour comprendre les rôles respectifs de ces facteurs dans la neurogenèse, nous combinons des études expérimentales in vivo avec les simulations numériques de la dynamique des progéniteurs. Un formalisme multi échelles nous permet de suivre la progression de types de progéniteurs spécifiques tout au long des phases du cycle cellulaire. Nous ajustons les valeurs numériques du modèle de manière à correspondre avec des effectifs cellulaires expérimentaux obtenus sur un modèle de souris. L'apport des différentes quantités observables expérimentalement est analysé du point de vue de l'identifiabilité du modèle mathématique. Wed, 13 May 2020 15:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Vuk Milisic Dans le contexte de la motilité cellulaire, on introduit le  Filament Based Lamellipodium  Model (FBML) et on montre les différentes situations biologiques que ce modèle permet de reproduire. Dans ce cadre, on s'intéresse à la modélisation et à l'analyse mathématique des forces d'adhésion que l'on présente dans un deuxième  temps. On introduit une approche par flot gradient avec contrainte et on montre la convergence du schéma  discret en temps et en age vers un modèle continu. Dans un deuxième temps on démontre la convergence  de ce dernier vers l'équation de la chaleur sur la sphère unité avec un paramètre de friction qui vient des termes de retard de notre modèle. Tue, 28 Apr 2020 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Nicolas Vauchelet Cans cet exposé, je présenterai quelques exemples de travaux mathématiques qui peuvent être effectués dans le contexte de contrôle de maladies transmises par des moustiques. Plus précisément, je m'intéresserai à la méthode dite de Wolbachia consistant à essayer de répandre une bactérie bloquant la transmission des arbovirus dans la population de vecteurs Wed, 15 Apr 2020 15:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Guillemette Chapuisat La croissance d'une tumeur peut être modélisée par une onde progressive solution d'une équation ou d'un système de réaction-diffusion. L'étude de fronts de propagation solution de ces systèmes de réaction-diffusion et en particulier de leur vitesse permet donc de mieux comprendre la croissance d'une tumeur soumise à une chimiothérapie. Dans cet exposé, je présenterai deux exemples de tels travaux. Le premier porte sur l'influence de la période du traitement sur son efficacité et amène donc à étudier des équations de réaction-diffusion périodiques ou asymptotiquement périodiques en temps. Le second porte sur l'hétérogénéité tumorale et en particulier sur l'influence de la présence de cellules résistantes au traitement et amènera à étudier un problème de propagation de terrasses de fronts dans un système de compétition-diffusion. Fri, 13 Mar 2020 13:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Mounîm A. El Yacoubi L’intelligence artificielle connaît aujourd’hui un essor sans précédent dans le monde en raison, essentiellement, du développement spectaculaire de machines de calcul puissantes et des avancées en machine Learning qui ont suivi en parallèle. Dans ce séminaire, nous présentons une introduction aux méthodes de Machine Learning, en mettant l’accent sur leur catégorisation en méthodes d’apprentissage Supervisé, non-supervisé et semi-supervisé, tout en abordant d’autres types de catégorisation. Dans ce cadre, nous nous intéresserons, entre autres, aux modèles de réseaux de neurones profonds. Dans l’exposé, nous présentons quelques applications concernant des données humaines telles que l’analyse de l’écriture sur tablette pour la caractérisation de maladies neurodégénératives, la biométrie des veines de la main, la prédiction de glycémie chez des patients diabétiques, ou l’analyse de la mobilité humaine à partir des traces numériques des smartphones. Pour ces applications, nous expliquerons les problématiques de machine Learning posées ainsi les principes qui ont guidé les choix de modèles considérés. Fri, 06 Mar 2020 15:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Mehdi Ammi Le déploiement des environnements pervasifs constitue un tournant important dans le processus de mutation de notre société. Il s'agit d'un vecteur de transformation majeur de nature à bouleverser nos modes de production, de consommation, de transport, d'habitation, ou encore de travail. Dans le domaine particulier de la santé, ces environnements pourraient proposer des solutions crédibles aux nombreux défis auxquels notre société sera confrontée ces prochaines décennies : augmentation et vieillissement de la population, suivi des maladies chroniques, sédentarité croissante, obésité/diabète, etc. Si les évolutions technologiques récentes permettent de donner corps à ces nouveaux environnements, il reste toutefois un certain nombre de défis à résoudre pour rendre cette transformation crédible, efficace et acceptable par la société (mécatronique adaptée, traitement robuste des données, éthique, etc.). L'élaboration d'une interaction homme-environnement prenant en considération les différentes composantes de l'humain (profil, état, activité, besoin, etc.) et son environnement (environnement physique, contexte, etc.) est une problématique clé pour le succès de ces approches. En effet, ces composantes évoluent au cours du temps, en fonction de l'environnement et du contexte associé. Une interaction avec des paramètres statiques risque ainsi de compromettre l'expérience utilisateur et l'utilisabilité du système, voire même son utilité (ex. attente, satisfaction du besoin). L'interaction entre l'homme et l'environnement doit donc être adaptée en fonction des spécificités de l'humain, en fonction de son activité, en fonction du temps, en fonction de l'environnent physique et en fonction des tâches réalisées. En résumé, il est nécessaire d'élaborer pour ces nouveaux environnements une interaction homme-environnement plastique permettant d'adapter d'une manière dynamique les paramètres du modèle de l'interaction en fonction de l'ensemble des composantes impliquées. Fri, 06 Mar 2020 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Xavier Claeys Les méthodes de Schwarz optimisées (OSM) sont des stratégies de décomposition de domaine (DDM) bien établies pour la résolution des équations d'ondes en régime fréquentiel. Dans ces méthodes, les problèmes d'onde sont résolues indépendamment dans chaque sous-domaines en imposant des conditions de type Robin aux frontières. Le couplage entre sous-domaines est assuré par un échange des traces Robin aux interfaces. Quand le partitionnement ne fait pas intervenir de point de jonction (c'est-à-dire des points où 3 sous-domaines ou plus sont adjacents), cette stratégie peut être très efficace à condition que les coefficients d'impédance soient choisis intelligemment. La situation est plus compliquée en présence de points de jonction et ces points peuvent détériorer substantiellement la convergence des solveurs linéaires, même dans des configurations géométriques banales. Le traitement des points de jonctions a été l'objet de contributions multiples et, bien qu'il existe maintenant des approches convaincantes dans le cas de jonctions à angle droit, aucun traitement systématique n'a vraiment été proposé jusqu'à présent. Dans cet exposé nous présenterons une nouvelle variante de OSM qui peut s'accommoder de la présence de points de jonctions de forme arbitraire. L'ingrédient nouveau est un opérateur d'échange modifié qui nécessite le calcul d'une projection orthogonale sur l'espace des simples traces (n-uplets de traces qui se raccordent aux interfaces) à chaque itération du solveur linéaire. L'orthogonalité de cet opérateur d'échange nous permet d'établir une théorie de convergence uniforme par rapport au pas du maillage. Nous présenterons des résultats numériques en 2D et 3D qui confirment notre théorie. Ce travail a été réalisé en collaboration avec Emile Parolin (INRIA POems) dans le cadre du projet ANR NonlocalDD ref. ANR-15-CE23-0017-01. Fri, 28 Feb 2020 14:30:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Ulrich Razafison Dans cet exposé, nous nous placerons dans le cadre du trafic piéton et nous présenterons un modèle permettant de décrire la chute de capacité (c'est-à-dire le flux de piétons maximal par unité de temps)d'une sortie de salle lors d'une évacuation. Le modèle repose sur une loi de conservation et la capacité de la sortie est décrite par une contrainte sur le flux, qui est supposée non locale. La chute de capacité se produit pour les hautes densités de piétons exprimant la congestion de la sortie.Par des simulations numériques, nous montrerons que le modèle est capable de reproduire deux effets paradoxales liés  à la chute de capacité et qui ont déjà été observés et reproduits expérimentalement : l'effet ''Faster-Is-Slower" qui stipule qu'une augmentation de la vitesse des piétons peut entraîner une augmentation du temps d'évacuation, et une variante du "paradoxe de Braess" qui indique que placer un obstacle avant la sortie peut faire diminuer la pression des piétons sur la sortie et entraîner une réduction du temps d'évacuation. Ces travaux sont en collaboration avec Boris Andreianov, Carlotta Donadello et Massimiliano Rosini. Fri, 28 Feb 2020 13:30:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Paul Vigneaux (Séminaire commun avec MCS). Nous présenterons des schémas numériques 2D pour résoudre des modèles de type Saint-Venant dont le problème en vitesse est une inéquation variationnelle. Ce type de formulation intervient lorsque l’on s’intéresse à des écoulements de matériaux viscoplastiques, par exemple en géophysique (glissement de terrain, avalanche de neige dense pouvant être décrits par une loi de type Bingham). Nous illustrerons cela sur des topographies du massif du Mont-Blanc (couloir de Taconnaz). Fri, 15 Nov 2019 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Astrid Decoene Séminaire commun avec MCS Fri, 08 Nov 2019 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires M Clertant Fri, 08 Nov 2019 13:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Sébastien Martin Contrairement aux fluides ordinaires, les fluides complexes  révèlent des comportements non triviaux qui dépendent de structures  internes qui composent ces fluides. Typiquement, de nombreux fluides  complexes sont composés d'entités microscopiques, actives ou passives.  Le comportement individuel et collectif de ces entités a un impact  très fort sur les propriétés rhéologiques du fluide à l'échelle  macroscopique. La réponse de l'échelle micro- sur l'échelle macro-  nécessite des efforts de compréhension importants pour ces fluides.  Dans cet exposé, nous présenterons une méthode de simulation directe  de suspensions denses de micronageurs dans un fluide visqueux. On  s'intéresse en particulier à des bactéries munies de flagelles, et qui  nagent dans un fluide newtonien par auto-propulsion. La méthode  numérique s'attache à la résolution du problème de couplage fort entre  le fluide et les structures rigides qui représentent les bactéries au  niveau individuel. Les résultats numériques concernent aussi bien les  grandes recirculations qui sont observées dans des suspensions denses  que la rhéologie de ces suspensions (selon le type de motilité des  micronageurs). En conclusion, nous présenterons quelques extensions  (chimiotactisme) et pistes de travail actuelles (modélisation des  flagelles eux-mêmes, afin de capturer des effets hydrodynamiques plus  fins qu'à l'échelle de la suspension). Fri, 27 Sep 2019 15:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Philippe Peyla <style type="text/css">p { margin-bottom: 0.25cm; direction: ltr; color: rgb(0, 0, 10); line-height: 115%; text-align: left; }p.western { font-family: "Liberation Serif", serif; font-size: 12pt; }p.cjk { font-family: "Noto Serif CJK SC"; font-size: 12pt; }p.ctl { font-family: "Lohit Devanagari"; font-size:</style><font face="arial">Après une introduction générale sur la nage des micro-organismes à bas nombres de Reynolds, je présenterai quelques expériences faites au laboratoire sur du plancton. Les micro-algues motiles que nous utilisons sont les Chlamydomonas Reinhardtii, elles sont photo-sensibles et, selon la souche de cellule utilisée, sont attirées ou fuient la lumière. En l’absence de lumière, ces algues ont un mouvement de marche aléatoire avec longueur de persistance ; en présence de lumière, elles se déplacent de façon balistique. Ici notre objectif est d’étudier des objets mobiles et de comprendre comment les mouvements microscopiques peuvent affecter des déplacement macroscopiques. Ces études, si elles ont un caractère fondamental, peuvent avoir des applications importantes. En effet, ces algues ont un fort potentiel pour la fabrication de bio-carburants (bio-diesel, bio-hydrogène) et leur manipulation et leur contrôle s’avèrent très importants concernant les processus de fabrication. <style type="text/css"></style> Fri, 27 Sep 2019 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Xavier Tréton La rectocolite hémorragique (RCH) est une maladie inflammatoire chronique touchant la muqueuse du colon. S’il existe de plus en plus de traitements disponibles, seulement 30 à 50% des patients ont un contrôle satisfaisant de leur maladie. Les autres souffrent d’une qualité de vie altérée, de complications sévères, comme les cancers du colon, nécessitent des interventions chirurgicales radicales. Ce mauvais contrôle de la maladie est responsable de couts de santé très élevés, qui vont s’amplifier puisqu'aujourd’hui il existe 2 millions de patients dans le monde et qu’ils seront 10 millions dans 10 ans. Ces résultats pourraient néanmoins s’améliorer si l’on était capable d’attribuer plus rapidement la bonne classe thérapeutique au bon patient. En ce sens, des biomarqueurs prédictifs de la réponse aux traitements sont nécessaires. Cependant, la nature multifactorielle de cette maladie, combinant des facteurs environnementaux (microbiote, alimentation, polluants…), (épi)génétiques, et immunitaires, rend la découverte de ces biomarqueurs très complexe. Grâce aux progrès des mathématiques, des approches intégrées multi-modales sont engagées pour tenter d’y arriver. Fri, 07 Jun 2019 14:30:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires John Chaussard Chez des patients atteints de Rectocolite Hémorragique (RCH), l'analyse automatique d'images endoscopique pourrait permettre de quantifier l'état d'avancement de la maladie. Nous verrons, dans cet exposé, les problèmes que posent le mode de prise de vue des images endoscopiques, faisant obstacle à leur analyse automatique. Nous verrons comment certains outils de traitement d'images, provenant de la morphologie mathématique, pourraient nous permettre de lever ces barrières. Fri, 07 Jun 2019 13:30:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Delphine Salort Dans cet exposé, nous nous intéressons à une équation de Fokker-Planck qui modélise l'évolution de neurones en interaction, où chaque neurone perçoit l'activité moyenne du réseau. Nous étudions, en fonction des hypothèses faites sur le type d’interconnexions (inhibiteur/excitateur, faible/fortes interconnections), et sur la dynamique intrinsèque des neurones, quels sont les types de patterns peuvent émerger. Ces travaux sont en collaboration avec Caceres, Carrillo, Perthame, Roux, Schnaider et Smets. Thu, 18 Apr 2019 15:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Philippe Faure La variation est une composante fonctionnelle de l'expression des comportements, nécessaire, à la flexibilité, à l'acquisition de nouvelles connaissances, et surtout à la définition de ce qu'est un individu. Si les processus de stabilisation et de répétition des conduites on été très largement exploré en neuroscience et en science cognitives, ce n'est pas le cas des mécanismes sous-tendant l’émergence de la variabilité. Nous discuterons de deux expériences mettant en évidence i) la possibilité de renforcer l'expression de choix variables chez un individu et ii) de faire émerger des individus au comportement distinctes au sein d'une colonie de souris. Thu, 18 Apr 2019 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Nicolas Vauchelet Thu, 18 Apr 2019 11:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Tazzio Tissot Thu, 11 Apr 2019 15:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Jean Clairambault Thu, 11 Apr 2019 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Nicolas Vauchelet Thu, 11 Apr 2019 11:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Vincent Calvez Je présenterai un résultat d'existence de solutions d'onde pour un système couplé d'EDP: une équation de transport cinétique couplée à une paire d'équations de réaction-diffusion. Ce modèle décrit relativement bien des ondes de concentration de bactéries telles qu'observées expérimentalement. Ceci est la suite d'un travail en collaboration avec l'équipe d'Axel Buguin et Pascal Silberzan à l'Institut Curie, en particulier à l'occasion de la thèse de Jonathan Saragosti. L'existence de solutions ondes est guidée par la limite de diffusion du problème couplé, mais des difficultés inhérentes à l'échelle mésoscopique nécessitent un travail de description assez fine des profils en vitesse. Thu, 28 Mar 2019 15:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Axel Buguin Nous nous intéressons à des phénomènes collectifs de migration cellulaire qui mettent en jeu une forme de communication entre cellules vivantes. Cette approche sera illustrée par des expériences menées sur des bactéries (E. Coli) qui nagent en milieu liquide. Les bactéries E. coli en suspension dans un milieu nutritif donnent naissance à des comportements collectifs dictés d’une part par le chimiotactisme des bactéries et, d’autre part, par leur faculté à produire des molécules attractantes pour communiquer avec les autres bactéries. Nous étudions ces bactéries à l’échelle de la population et nous confrontons les résultats obtenus avec le comportement microscopique de quelques individus au sein de la population. Un premier type d’expérience consiste à accumuler les bactéries à l’extrémité d’un micro-canal. Cette situation peut donner lieu à l’apparition d’ondes de concentration qui se propagent le long du canal. Nous nous intéresserons à différents facteurs (milieu utilisé, souche bactérienne, géométrie du canal…) susceptibles d’affecter la formation et la propagation de ces ondes. Un second type vise à imposer dynamiquement, à l’aide d’un dispositif microfluidique, l’environnement biochimique dans lequel les bactéries évoluent. Il permet en particulier de faire croître les bactéries dans un environnement stable ou de les mettre en compétition face à une source limitée de nutriments. Thu, 28 Mar 2019 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Nicolas Vauchelet Thu, 28 Mar 2019 11:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Léo Girardin In this talk, I will first present two classical notions of population dynamics, namely predator—prey systems & Allee effects. I will then give a state-of-the-art review on reaction—diffusion predator–prey systems with Allee effect on the prey, highlighting the range of possible outcomes and the lack of general theory. Finally, I will explain how these notions can be used to prove an unexpected  co-extinction theorem for a brake-driven gene drive reversal model. This is a joint work with V. Calvez and F. Débarre. Thu, 14 Mar 2019 15:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Florence Débarre Thu, 14 Mar 2019 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Nicolas Vauchelet Thu, 14 Mar 2019 11:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Pierre-Alexandre Bliman Thu, 21 Feb 2019 15:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Anton Camacho <style type="text/css">p { margin-bottom: 0.25cm; direction: ltr; line-height: 120%; text-align: left; }</style> Keywords Thu, 21 Feb 2019 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Nicolas Vauchelet Ce second cours sera consacré à l'introduction de quelques modèles compartimentaux très utilisés en épidémiologie mathématique. Après avoir rappelé les concepts mathématiques de base et résultats indispensables sur les systèmes différentiels, nous introduirons des modèles mathématiques classiques en épidémiologie et expliquerons comment caractériser les épidémies en calculant le nombre de reproduction de base. Thu, 21 Feb 2019 11:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Nicolas Bacaer Pour un environnement aléatoire, on montre avec la méthode BKW que le temps moyen d'extinction dans le modèle épidémique SIS surcritique croît avec la taille de la population soit comme une loi exponentielle, soit comme une loi de puissance. Dans le même environnement mais avec un processus de naissance et de mort linéaire et sous-critique, il existe une formule explicite pour le taux d'extinction ; on cherche le lien avec le système d'équations aux dérivées partielles vérifié par les fonctions génératrices. Pour un environnement périodique, on présente quelques développements récents concernant la taille finale d’une épidémie déterministe de type SIR. Dans le cas d'un environnement constant, on ajoute quelques remarques concernant la probabilité d'extinction pour des processus de naissance et de mort à plusieurs types. On s'intéresse enfin à un système homogène d'équations différentielles pour la transition démographique. Il sera aussi question de l'utilisation de la traduction automatique dans la recherche scientifique. Thu, 07 Feb 2019 15:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Clara Champagne The dengue virus is expanding worldwide and modelling its dynamics can help to better understand, predict and control its propagation. However, this mosquito-borne disease is influenced by a multiplicity of human and environmental factors that are complex to include in parsimonious epidemiological models. In parallel, statistical and computational tools are nowadays available to confront theoretical models to the observed data. In this work, we study and compare dengue propagation models in the light of data. Firstly, using data from the Kampong Cham region in Cambodia, we compare several dengue models that incorporate increasing complexity both in the details of disease life history and in the account for stochasticity. Secondly, we explore other aspects of transmission, such as seasonality and spatial structure, in the case of dengue epidemics in Rio de Janeiro (Brazil). Thu, 07 Feb 2019 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Nicolas Vauchelet Thu, 07 Feb 2019 11:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Shensi Shen Acquisition by cancer cells of a plethora of resistance-conferring genetic alterations greatly limits the clinical utility of most anti- cancer drugs. Therefore, there is a need to improve the effective- ness of treatment before mutational-acquired resistance prevails. Relapse is driven by a small subpop- ulation of residual or “drug-tolerant” cells, which are traditionally called “minimal residual disease” (MRD), that remain viable upon drug exposure. Recent in vitro findings have indicated that the emergence of these per- sisters is unlikely due to mutational mechanisms. A non-mutually exclusive scenario proposes that the drug-tolerant phenotype is transiently acquired by a small pro- portion of cancer cells through non-mutational mechanisms. To gain insights into the biology of MRD, we applied single-cell RNA sequencing to malignant melanoma BRAF mutated cells, and we identified a subpopulation of melanoma cells is tolerant to targeted therapy via metabolic reprogramming. Cancer cells were known to reprogram their metabolic profiles geared toward glycolysis, despite sufficient oxy- gen available to support oxidative phosphorylation (OXPHOS), a phenomenon known as the Warburg effect. We found that melanoma MRD can switch their metabolic program from glycolysis towards mitochondrial OXPHOS alimented by fatty acid oxidation (FAO), thereby renders the melanoma MRD highly sensitive to FAO inhibition in vitro and in mouse tumor models. This MRD-directed metabolic reprogramming suggests a more clever treatment combination regimen to fight against cancer resistance. Fri, 11 Jan 2019 15:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Diane Peurichard In this talk, we investigate the multi-scale link for a model of tumor growth. We start from a microscopic model where cells are modelled as 2D spheres undergoing short range repulsion and cell division. We derive the associated macroscopic dynamics leading to a porous media type equation. As the macroscopic equation obtained through usual derivation method fails at providing the correct qualitative behavior, we propose a modified version of the macroscopic equation introducing a density threshold for the repulsion. We numerically validate the new formulation by comparing the solutions of the micro- and macro- dynamics. Moreover, we study the asymptotic behavior of the dynamics as the repulsion between cells becomes singular (leading to non-overlapping constraints in the microscopic model). We show formally that such asymptotic limit leads to a Hele-Shaw type problem for the macroscopic dynamics. The numerical simulations reveal an excellent agreement between the micro- and macro- descriptions, validating the formal derivation of the macroscopic model. The macroscopic model derived here therefore enables to overcome the problem of large computational time raised by the microscopic model, but stays closely linked to the microscopic dynamics. Fri, 11 Jan 2019 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Vuk Milisic After an introduction of the adhesion modeling in the FBLM, we present a hierarchy of problems set up in order to gradually understand various mathematical aspects of this approach. We end up with the latest results obtained in the context of non-linear parabolic equations. To finish, we present a conjecture and an open problem. Fri, 30 Nov 2018 15:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Christian Schmeiser Two mathematical modeling projects will be presented: 1) the Filament Based Lamellipodium Model (FBLM), a two-dimensional, two-phase, anisotropic continuum model for the dynamics of the actin filament network in the lamellipodium, a motility organelle of many cell types, and 2) a recent phenomenological model for the adhesion free migration of leukocytes, based on a model for the dynamics of the cell cortex. Fri, 30 Nov 2018 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Safaa Al Ali Il s'agit de la soutenance de mémoire de M2 pour Safaa. Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) sont des inflammations de la paroi intestinale, résultant d’une réponse excessive des défenses naturelles du système immunitaire. Dans ce stage, on s’intéresse au diagnostic automatique de la rectocolite hémorragique (RCH) d'après les vidéos obtenues lors d'une endoscopie du colon. Nous présenterons une étude des scores endoscopiques utilisés pour l’évaluation de la sévérité de la maladie, ainsi qu'un score simplifié implémenté durant le stage. Ensuite, nous proposons une nouvelle visualisation des lésions (saignements et ulcères) permettant au médecin de mieux localiser leur emplacement le long de la paroi intestinale. Enfin, nous étudions l'aspect des saignements dans les vidéos, et comparons plusieurs modèles de couleur des patchs observés. Fri, 28 Sep 2018 15:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Aline Criton et Guillaume Trébuchet Fri, 28 Sep 2018 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Jean-Pierre Hugot La peste a sévi en Europe depuis le 14ème siècle et jusqu'au 19ème siécle. Elle a été un des plus importants chocs démographiques au moment de la peste noire au 14ème siècle. Il semble donc légitime de recehercher aujourd'hui une empreinte génétique de cette pandémie. Le gène NOD2 est impliqué dans le réponse immunitaire innée. Ceratines mutations, associées à la maladie de Crohn (MC) ne se rencontrent que dans les populations européennes où une sélection naturelle avec avantage à l'hétérozygote est fortement suspectée. Nous avons montré par ailleurs que ces mutations améliorent la survie des souris infectées par Yersinia pseudotuberculois, une bactérie entéropathogène proche de Yersinia pestis. Dans ce travail, nous montrons que la fréquence des mutations de NOD2 dans les populations modernes d'Europe et du bassin méditérannéen sont associées à l'intensité des épidémies de peste urbaine au long de l'histoire. Cette association reste significative si on tient compte des migrations ou de la taille des villes atteintes. Il est donc possible que les mutations NOD2 aient eu un avantage sélectif au moment des épidémies de peste en Europe, favorisant la persistance de mutations, aujourd'hui délétères car associées à la MC. Fri, 08 Jun 2018 14:30:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Alberto Romagnoni La prédiction des maladies à partir des données génomiques d'une personne est la question clé de la génétique clinique. Si cette question a une solution simple pour les maladies mendéliennes, il n'a pas été possible d'y répondre pour les maladies génétiques complexes à cette date. Les techniques de machine learning sont des méthodes nouvelles et très puissantes pour analyser des données complexes telles que les données génomiques. Nous avons appliqué différentes approches incluant des régression logistiques pénalisées, des arbres et des réseaux de neurones aux données génétiques issues d'un consortium international sur la maladie de Crohn (52.000 cas et contrôles génotypés pour 150.000 marqueurs SNP). Nous avons pu montré que les méthodes de pré-processing du jeu de données avait une influence importante sur les résultats obtenus avec une augmentation artificielle des capacités de classification des diverses méthodes. Les approches, bien que différentes, ont donné des résultats sensiblement similaires avec des Aires sous la courbe (AUC) ROC égales à 0.8. Ces résultats, bien qu'importants ne permettent cependant pas une application clinique fiable et posent la question de la manière d'augmenter notre capacité de prédire une maladie complexe à partir des données génomiques. Fri, 08 Jun 2018 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Xavier Tréton La rectocolite hémorragique (RCH) est une maladie multifactorielle hétérogène. Les patients qui en souffrent ont des profils évolutifs et des réponses individuelles aux traitements existants qui varient. La prédiction de ces différentes réponses semble possible, mais nécessite des regroupements d'individus selon des signatures biologiques complexes. L'exposé fera un état de l'utilisation des data biologiques permettant de prédire l'évolution de la maladie, et présentera un projet du groupe visant à établir des outils de médecine personnalisée pour la RCH, impliquant une intégration des données. Fri, 08 Jun 2018 13:30:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Antonio Cosma Flow cytometry based single cell technologies were effective in monitoring CD4 T-cell decay from the early beginning of HIV-1 epidemic and successively became a key technology to gain insight into the role of different cell types in disease progression and pathogenesis. Recently, mass cytometry, also named Cytometry by Time of Flight (CyTOF), augmented the number of molecules detected per single cell revealing a surprisingly multidimensional nature of the immune cells. A major consequence of the increase of the detectable molecules per single cell is the shift of cytometry from a hypothesis driven to a hypothesis generating technology. In a hypothesis generating setting, we evaluated the phenotype and function of whole blood cells in a group of chronic HIV-1 infected individuals with controlled and uncontrolled viral replication. In the context of this study, we developed an analysis workflow for the exploration of multidimensional data, applicable not only to flow and mass cytometry data, but also to any multidimensional dataset. The workflow combines the use of different automated clustering, dimensionality reduction and visualization methods all centered on the key concept to let the scientist exploring the dataset without the intervention of an IT specialist. The study of the HIV-1 infected individuals by mass cytometry combined with our method of analysis revealed an unexpected phenotypic diversity of the innate immune system and opened the way to further functional investigations. Fri, 08 Jun 2018 13:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Vincent Lorent La larve du fourmilion Euroleon nostras (insecte névroptère) se présente sous la forme d'un corps ovoïde de la taille d'un ongle du petit doigt. Le pourtour de son abdomen est pourvu de toupets de cils d'un millimètre de longueur. Ces cils sont identifiés comme des mécano-senseurs ayant leur utilité pour la détection de proies (généralement des fourmis). 10%  des fourmilions, des 1500  répertoriées à ce jour, adoptent un comportement de chasseur à l’affût. Le fourmilion vit dans des sols sableux. Il y creuse un piège en forme d'entonnoir et y attend l'arrivée de sa proie. Lorsque celle-ci s'est aventurée dans l'entonnoir et tente de rebrousser chemin, le fourmilion lui projette du sable et précipite sa chute. La proie est éventuellement saisie. L'objet de cette étude est de déterminer, par les réponses comportementales du fourmilion à des prodromes vibratoires, la capacité qu'a développé ce dernier à saisir un signal de faible amplitude transmis par la propagation d'une onde dans un milieu granulaire. Il a ainsi été démontré que le fourmilion est sensible à des vibrations d'amplitude de l'ordre du dixième de nanomètre, si ces vibrations sont interprétées comme la manifestation de la présence d'une proie. Dans ce séminaire, j'expliquerai l'apport de cette étude à ce que l'on sait des performances sensorielles de cet arthropode.  Je développerai également une approche par la physique et le traitement du signal aux questions concernant sa reconnaissance supposée de motifs vibratoires. Fri, 13 Apr 2018 15:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Andrea Perna (english abstract below) Plusieurs espèces d'animaux modifient environnement en construisant des structures spatiales qu'ils utilisent pour protection (par exemple les nids d'oiseaux) ou pour capturer des proies (par exemple les pièges des fourmilions). Il est cependant seulement chez les insectes sociaux, comme par exemple les fourmis et les termites, que l'on trouve les structures les plus complexes: réseaux de sentiers qui s'étalent sur plusieurs mètres de longueur, nids aux architectures complexes. Dans mon exposé, je résumerai ce qui est connu sur les mécanismes de construction au niveau individuel, allant de la perception sensorielle aux interactions entre individus. J'essayerai ensuite d'aborder la question du comment les differentes formes de nids et de réseaux de pistes observés en milieu naturel pourraient être produites à partir de ces règles d’interaction simples. Various animal species build spatial structures that they use as a shelter (e.g. bird nests) or as traps (e.g. myrmelion traps). Among these structures, the largest and most complex are those produced by social insects such as ants and termites: newtorks of trails spanning several metres, large nests with complex architecture. In my talk, I will summarise some established knowledge about the individual-level building mechanisms, from sensory perception to inter-individual interactions. I will then address the question, how do different shapes of nests and foraging trails emerge from the empirically observed interaction rules? Fri, 13 Apr 2018 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires John Chaussard Fri, 16 Mar 2018 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Amic Frouvelle Fri, 19 Jan 2018 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Pierre Gabriel Fri, 10 Nov 2017 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires J. Ignacio Tello We consider a mathematical model of distribution of morphogens (signaling molecules responsible for the differentiation of cells and the creation of tissue patterns). The model was proposed by Lander, Nie and Wan in 2002 and it  consists of a system of two equations: a PDE of parabolic type modeling the distribution of free morphogens with a dynamic boundary condition and an ODE describing the evolution of bound receptors. Three biological processes are taken into account: diffusion, degradation and reversible binding. We prove existence and uniqueness of solutions and its asymptotic behavior. Fri, 05 May 2017 15:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Cécile Carrère Pour éviter l'apparition de cellules cancéreuses résistantes à une chimiothérapie, beaucoup de protocoles imposent de fortes doses de médicament : la dose maximale tolérée par le patient (MTD). Dans une série d'expériences in vitro menées par M.Carré au laboratoire du CRO2 à la Timone, Marseille, la présence de cellules résistantes dès le début du traitement fait échouer ce protocole, alors que l'utilisation de plus faibles doses permet de contrôler la taille de la tumeur. Afin d'expliquer et d'optimiser ce phénomène, G.Chapuisat a développé un modèle simple EDO reproduisant les résultats de ces expériences. L'analyse du plan de phase de ce système, et l'utilisation de la théorie du contrôle optimal, permettent alors de déterminer des protocoles de traitements efficaces pour réduire la tumeur à une taille minimale. Afin de prendre en compte l'organisation spatiale des cellules, nous avons ensuite étudié un modèle EDP de compétition-diffusion de deux espèces dans un milieu favorable. Enfin, en collaboration avec H.Zidani, nous développons des méthodes d'optimisation numérique pour contrôler la taille de la tumeur au cours du temps. Fri, 05 May 2017 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Etienne Birmelé Fri, 21 Apr 2017 14:15:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires François Radvanyi Fri, 21 Apr 2017 13:30:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Anton Camacho et Nicolas Vauchelet Moving on to the recent Ebola virus disease outbreak in West Africa, I will present how we developed real-time modelling and forecasting tools for monitoring the evolution of the epidemic and informing the design of appropriate interventions. Due to limited data available in real-time, it was challenging to explain the dynamics of Ebola transmission as a mechanistic interplay between different factors. To tackle this issue, we used a stochastic SEIR model with a phenomenological approach for the transmission rate, which was modelled as a Brownian motion. I will close with a retrospective assessment of our forecasts in term of reliability, sharpness and bias.Title: Mathematical modeling of the spread of Wolbachia for Dengue control.Abstract: In the fight against world-wide plague of dengue and of other arboviruses, innovative vector-control techniques have been developed. Among them, the use of bacteria Wolbachia has received considerable attention. In fact, this maternally transmitted bacteria blocks the transmission of some arboviruses from mosquitoes to human. Therefore, releases of Wolbachia infected mosquitoes are performed in the aim that the infected population, unable to transmit diseases, replace the host population. In this talk, we will consider the modeling and a mathematical study of the spread of this bacteria into a host population. It boils down to study the traveling waves for some reaction-diffusion model and the conditions to ignite the propagation. Fri, 03 Mar 2017 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Amandine Aftalion Le but de l'exposé est d'expliquer, avec des équations différentielles, comment l'effort humain s'organise pour courir et produire la meilleure performance. Les physiologistes savent, d'après l'expérience, qu'une course de durée inférieur à 3mn se courent avec une très forte accélération initiale, puis une décélération, tandis que les courses supérieures à 3mn se courent avec un sprint final. Ceci peut être expliqué et justifié grâce à un système d'équations différentielles couplant la vitesse, l'énergie anaérobie et la force de propulsion, tout en prenant en compte les sources d'énergie aérobie via la VO2. Nous expliquerons le modèle, les preuves sur la structure de la solution optimale et illustrerons la théorie avec des simulations numériques de champions sur des 100m, 400m, 800m et 1500m pour vérifier que le modèle décrit bien la réalité.    Fri, 24 Feb 2017 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Jonathan Touboul et Jérôme Ribot The brain contains the representation of sensory features that is organized into maps with specific geometrical properties. The primary visual cortex is the first cortical step for the processing of vision. It contains multiple maps specific to the orientation of a stimulus, the direction of a movement, or the location in visual space. These maps originate from subcortical inputs as well as intracortical connectivity. In this talks, we will present new data concerning their topology, their origin, as well as their role in visual perception. Two specific issues will be treated:the role of the corpus callosum (the structure connecting the two hemispheres) in visual perception and map formation (J. Ribot, Collège de France)the topology of the spatial frequency map, its impact on visual perception and what it tells us on the mathematical principles that govern these architectures (J. Touboul, Inria & Collège de France) Fri, 09 Dec 2016 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Olivier Lafitte Fri, 13 May 2016 15:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Marcel Levy Fri, 13 May 2016 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires José Faro Our quantitative knowledge on how T-cells recognize foreign peptides is based on the determination of the strength of interaction between T-cell receptors (TCR) and their ligands (peptides bound to major histocompatibility complex molecules [pMHC]). This determination has relied on classical experimental assays in which pMHC and/or TCRs are placed in solution (3D assays). However, classification of T-cell ligands according to their 3D strength of interaction to TCRs was often inconsistent with the biological outcome of that interaction. Two landmark papers in 2010 disclosed essential differences between classical, 3D assays and assays in which TCRs and their pMHC ligands are confined into a membrane (2D assays), revealing a large impact of dimensionality in the kinetics of those reversible chemical reactions: 2D on-rates appear to be, ultimately, responsible for the differences in the ligand potency. This suggests, therefore, that 2D experiments are mandatory in order to understand TCR-mediated T cell activation. However, there is a lack of convincing first principle explanations of the empirical differences between 2D and 3D experiments. Is it possible to reconcile the whole body of knowledge accumulated in the last two decades regarding kinetic parameters of TCR-pMHC interactions? Fri, 25 Mar 2016 15:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Nadine Varin Chronic lymphocytic leukemia is a clonal B cell malignancy of the elderly. This neoplasm is characterized by a heterogeneous clinical course from indolent chronic disease to rapidly evolutive lymphadenopathy still incurable. Recent analyses using whole genome sequencing have uncovered several early mutations or deletions indicative of a risk of clonal progression. However, the most discriminative pathophysiological marker of the illness remains the mutational status of the IGHV gene expressed at the membrane within the B cell immune receptor (BCR). Presence of unmutated genes is correlated with progression and poor outcome of the patient. We have previously shown that B Cell Receptor (BCR)-mediated pathways are essential to the survival of malignant B-cells and to their infiltration within lymph nodes determining disease progression. We addressed in this study the presence of subclonal B cell populations and their differential phenotypic and functional features. Our results indicate the presence in various extents of B cell subpopulations able to express specific regulatory cytokines and factors. Moreover, we identified a subpopulation producing all these factors concurrently and we proved their regulatory function in coculture experiments with T cells from the same patients. We performed a hierarchical classification of these factors and challenged this hierarchy to cluster phenotypic cell populations and patients. Phenotypically, these cells expressed activation and memory B cells markers. Finally, expression of the regulatory factors was correlated to the IGHV mutational status with a biased repertoire and to progressive outcome of the patient. Fri, 25 Mar 2016 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Vincent Calvez Je présenterai un modèle continu en temps/âge/phénotype pour l'évolution d'une population structurée en âge à la fois dans le cas asexué, et dans le cas sexué. Je me focaliserai sur la sélection d'un taux de mortalité minimal en fonction de la classe d'âge, dans un environnement changeant. En explorant la limite d'échelle des mutations rares et petites, nous sommes en mesure de démontrer des phénomènes de seuil dans la dynamique asymptotique du système, confirmant ainsi des résultats numériques obtenus par Cotto et Ronce sur un modèle discret. En particulier, nous démontrons un phénomène de "wall of death" : au-delà d'une certaine vitesse critique de changement de l'environnement, les individus dans des classes d'âge élevé ne sont plus capables de s'adapter au changement, et voient leur taux de mortalité croître indéfiniment. Ceci est un travail commun avec Emeric Bouin (ENS de Lyon), Jimmy Garnier (LAMA, Chambéry), et Thomas Lepoutre (INRIA et ICJ, Lyon) pour la partie mathématique, et Olivier Cotto et Ophélie Ronce (ISEM Montpellier) pour la partie modélisation. Fri, 12 Jun 2015 15:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Ophélie Ronce Le vieillissement et le déclin des performances qui l'accompagnent est observé chez des organismes très différents. Cependant, les patrons et la vitesse du vieillissement varient fortement entre organismes, et même au sein d'une espèce, avec notamment l'existence de génotypes rares particulièrement longévifs. Le vieillissement peut donc apparaître comme un paradoxe évolutif. A partir des années 60, des outils formels ont été développés permettant de résoudre ce paradoxe évolutif, expliquant les phénomènes de vieillissement par le déclin de la force de la sélection avec l'âge des individus. Ces développements théoriques sur le vieillissement ont néanmoins largement ignoré le fait que les populations doivent s'adapter à des environnements changeants dans le temps et l'espace. Les changements globaux (changement climatique, fragmentation des habitats naturels, pollution) ont ravivé l'intérêt à modéliser l'adaptation à ces environnements variables, mais ces derniers modèles ignorent le fait que les populations soient composées d'individus d'âges différents. Nous avons développé, en nous basant sur des travaux récents de Barfield et al. (2011), des modèles d'adaptation pour des populations structurées en âge soumises à des pressions de sélection variables. Ces modèles prédisent l'évolution de patrons de vieillissement plus rapide dans les environnements variables dans le temps et l'espace et permettent de comprendre quels traits des organismes s'adaptent plus rapidement lorsque l'environnement change. Fri, 12 Jun 2015 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Hervé Le Meur Fri, 17 Apr 2015 14:45:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Claude Reiss Chacun connait les bienfaits des antibiotiques, qui sont, depuis plus de 70 ans, efficacement et (trop ?) abondamment utilisés contre les maladies bactériennes. Mais les antibiotiques sont inefficaces contre des virus, contre lesquels il faut des antiviraux. Il en existe contre VIH (SIDA) et VHB (hépatite, cancer du foie), efficaces mais n’éliminant pas la virémie, avec, contre le VIH des effets secondaires importants et l’obligation d’y recourir à vie. Nous avons développé au CNRS dans les années 90 une famille d’antiviraux (des analogues nucléotidiques), qui ont prouvé leurs efficacités contre le VIH in vitro mais pour lesquels les essais cliniques n’ont pas encore pu être réalisés, par manque de moyens. Cette situation a évolué favorablement depuis un an, puisqu’il existe actuellement un analogue nucléotidique médicament miracle contre l’hépatite due au VHC. Cette découverte a mis en évidence le potentiel des analogues nucléotidiques contre les maladies virales en général. Depuis plus de 20 ans, d’importants progrès thérapeutiques ont été faits grâce aux études mathématiques de la dynamique virale au niveau cellulaire. Les objectifs ont été de réduire la durée des traitements antiviraux, d’en augmenter l’efficacité, d’optimiser les thérapies, d’en dégager les paramètres viraux cruciaux, de comprendre la cinétique virale et d’améliorer médicaments et soins en conséquence. La dynamique virale contre le VIH est malheureusement plus compliquée que celle de la simple relation proie-prédateur. En effet, ce virus attaque nos globules blancs et change à chaque génération ses caractères antigéniques, forçant le système immunitaire à développer, en réponse à chaque génération virale, une nouvelle armée de globules blancs. De plus, la prolifération de ces derniers va offrir autant de cibles aux virus, qui vont se multiplier en conséquence. Le cycle de production virale durant moins d’une journée, celui de la production de nouveaux globules blancs pour y répondre demandant au moins 3 jours, le système immunitaire va rapidement s’effondrer : c’est l’immunodéficience. Nous sommes donc en présence d’un virus qui attaque son prédateur et l’oblige à se multiplier, ce qui multiplie aussi la population virale, et d’un système immunitaire qui est en permanence obligé de renouveler son armée de globules blancs pour essayer d’endiguer des vagues de plus en plus importantes de virus pathogènes. Hervé Le Meur va présenter la mise en équation de cette dynamique. Fri, 17 Apr 2015 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Thierry Colin Nous présenterons un modèles pour décrire la réponse à deux type de traitements pour des métastases de gist et nous expliquerons pourquoi il est indispensable d’utiliser des données fonctionnelles afin d’obtenir des renseignements pronostiques. Fri, 16 Jan 2015 15:30:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires François Cornelis L’imagerie fonctionnelle permet d’aller au delà de la description purement morphologique des tumeurs et devrait permettre de mieux adapter les traitements à la pathologie du patient en particulier dans le cas de thérapies ciblés qui modifient substantiellement le métabolisme tumoral. Nous montrerons que l’interprétation des données nécessite la mise au point de modèles adaptés à chaque pathologie et à chaque patient. Fri, 16 Jan 2015 15:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Thierry Colin Nous présenterons un modèles de croissance de métastases personnalisé basé sur l’imagerie susceptible d’apporter une aide à la décision avant de pratiquer une ablation par radiofréquence. Fri, 16 Jan 2015 14:30:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires François Cornelis Nous présenterons les différentes techniques mini-invasives d’ablation de tumeurs: cryoablation, électroporation radio-fréquence ainsi que les indications thérapeutiques de ces techniques. Fri, 16 Jan 2015 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Ian Morilla Determining the network of physical protein associations is an important first step in developing mechanistic evidence for elucidating biological pathways in complex systems and diseases. Despite rapid advances in the field of high throughput experiments to determine protein interactions, the majority of associations remain unknown. Here we describe computational methods for significantly expanding protein association networks. We describe mathematical methods for integrating multiple independent sources of evidence to obtain higher quality predictions required for cell functions and needed to focus RNAi screens from the whole genome (leveraging both DNA and RNA-seq data) to the most likely candidates; as assay complexity and cost make genome-scale knockdown experiments impossible. A straight application of these strategies occurs, for instance, translating this novel genetic knowledge into personalized medicine for treating complex diseases. Fri, 28 Nov 2014 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Guillemette Chapuisat Dans cet exposé, je présenterai un modèle de croissance de tumeur avec prise en compte de l'angiogénèse. Ce modèle mathématique permet de simuler l'effet anti-angiogénique de différents traitement anti-cancéreux et permet de mieux comprendre l'efficacité de certains traitements métronomiques par rapport aux traitements classiques. Fri, 13 Jun 2014 15:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Nicolas André Since its inception in 2000, metronomic chemotherapy has undergone major advances as an anti-angiogenic therapy. The discovery of the pro-immune properties of chemotherapy and its direct effects on cancer cells has established the intrinsic multi-targeted nature of this therapeutic approach. The past 10 years have seen a marked increase in clinical trials of metronomic chemotherapy, and it is increasingly combined in the clinic with conventional treatments, such as maximum-tolerated dose chemotherapy and radiotherapy, as well as with novel therapeutic strategies, such as drug repositioning, targeted agents and immunotherapy. We review the recent advances in understanding the complex mechanisms of action of metronomic chemotherapy, and the recently identified factors associated with disease resistance. We comprehensively discuss the latest clinical data obtained from studies performed in both adult and paediatric populations, and highlight ongoing clinical trials. foresee the future developments of metronomic chemotherapy and in particular its potential role in the upcoming era of personalized medicine. Fri, 13 Jun 2014 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Delphine Salort Cet exposé porte sur l'étude d'une population de neurones ayant une activité spontanée et excitatrice. L'objet est de comprendre d'un point de vue théorique l'impact de la force des interconnexions entre les neurones dans l'apparition de décharges rythmées et synchronisées. Le modèle utilisé est une équation structurée en âge avec fragmentation sur la répartition des périodes réfractaires des neurones après qu'ils aient déchargé. On montre que la solution tend vers un état stationnaire lorsque les interconnections sont suffisamment faibles, ce qui correspond à un état totalement désynchronisé des neurones. Ensuite on décrit des régimes intermédiaires où l'on construit explicitement plusieurs classes de solutions périodiques qui traduisent l'apparition de rythmes synchronisés au sein des neurones. Ces travaux font l'objet d'une collaboration avec K. Pakdaman et B. Perthame. Fri, 28 Mar 2014 15:15:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Khashayar Pakdaman Cet exposé porte sur l'étude d'une population de neurones ayant une activité spontanée et excitatrice. L'objet est de comprendre d'un point de vue théorique l'impact de la force des interconnexions entre les neurones dans l'apparition de décharges rythmées et synchronisées. Le modèle utilisé est une équation structurée en âge avec fragmentation sur la répartition des périodes réfractaires des neurones après qu'ils aient déchargé. On montre que la solution tend vers un état stationnaire lorsque les interconnections sont suffisamment faibles, ce qui correspond à un état totalement désynchronisé des neurones. Ensuite on décrit des régimes intermédiaires où l'on construit explicitement plusieurs classes de solutions périodiques qui traduisent l'apparition de rythmes synchronisés au sein des neurones. Ces travaux font l'objet d'une collaboration avec B. Perthame et D. Salort. Fri, 28 Mar 2014 14:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Nicolas Bacaer L'exposé présentera des travaux effectués depuis quelques années sur la modélisation mathématique des épidémies tenant compte de l'influence périodique des saisons ou de fluctuations aléatoires de l'environnement. Les résultats présentent également un certain intérêt pour d'autres sujets liés à la dynamique des populations, tels que l'écologie. Il sera question d'équations aux dérivées partielles, de théorie spectrale, et de processus stochastiques de naissance et de mort. On essayera d'expliquer comment les travaux ont été motivés par des épidémies réelles, telles que la leishmaniose au Maroc, le chikungunya à la Réunion, ou la rougeole en France. Fri, 17 May 2013 14:00:00 +0200 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Alessandra Carbone Given a family of protein sequences and the associated distance tree, we shall explain how to predict important information on protein binding sites and on mechanical and allosteric properties by using a fine reading of the conservation and co-evolution signals between residues in the sequences. This information is encoded in the tree topology. We shall present two methods, one applicable to protein families of variable divergence and the other to very conserved protein families. Fri, 01 Mar 2013 15:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires Elodie Laine Une mutation génétique, une modification biochimique ou la fixation d'un ligand sont autant de perturbations dont les effets peuvent se propager à longue distance entre deux sites d'une protéine. Dans ce travail, une méthode est proposée, basée sur les corrélations dynamiques inter-résidus pour localiser et visualiser des réseaux et canaux de communication à travers les structures protéiques. Nous présentons une application de cette méthode à l'étude de la mutation D816V du récepteur tyrosine kinase KIT. Fri, 01 Mar 2013 00:00:00 +0100 https://www.math.univ-paris13.fr/laga/index.php/fr/mcs#pm/seminaires