SuiteSparse

Version 4.2.1 et Openblas

Version 4.2.1 (utilisation sous Matlab sur gpuschwarz)

Version 4.2.1 (installation)

Version 4.0.2

Version 4.2.1 et Openblas

Pour récupérer OpenBlas :

git clone git://github.com/xianyi/OpenBLAS 
cd OpenBlas 
make 
sudo make PREFIX=/opt/OpenBLAS

Version 4.2.1 (utilisation sous Matlab sur gpuschwarz)

Utilisation sur gpuschwarz de la SuiteSparse 4.2.1 (a suite of sparse matrix software) de Tim Davis sous Matlab.

Pour utiliser la SuiteSparse sur gpuschwarz, il faut récupérer le fichier suivant SuiteSparsePath.m et executer la commande suivante

sous Matlab R2012b :

SuiteSparsePath(’/usr/local/MATLAB/toolbox/R2012b/SuiteSparse/4.2.1’)

sous Matlab R2013a :

SuiteSparsePath(’/usr/local/MATLAB/toolbox/R2013a/SuiteSparse/4.2.1’)

Version 4.2.1 (installation)

Installation de SuiteSparse 4.2.1 (a suite of sparse matrix software) de Tim Davis sous Matlab et Linux. Effectuée le 28 avril 2013.

Configuration :

machine :

gpuschwarz

system :

Ubuntu 12.04 LTS (x86_64)

matlab :

R2012b/R2013a
Liens utiles :
- Tim Davis homepage : http://www.cise.ufl.edu/~davis
- SuiteSparse : http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/SuiteSparse
- Intel’s Threading Building Blocks (TBB) : http://www.threadingbuildingblocks.org
- METIS : http://www-users.cs.umn.edu/~karypis/metis
Installation de Intel’s Threading Building Blocks :
On récupère les sources
```
wget http://threadingbuildingblocks.org/sites/default/files/software_releases/source/tbb41_20130314oss_src.tgz
```
On décompresse
```
tar zxvf tbb41_20130314oss_src.tgz
```
On compile
```
cd tbb41_20130314oss 
make
```
On copie les librairies et les fichiers include. Le répertoire contenant les librairies dépend de la configuration courante de la machine, dans notre cas elles sont dans build/linux_intel64_gcc_cc4.6_libc2.15_kernel3.2.0_release/libtbb*. Il faut donc adapter la première commande :
```
sudo cp build/linux_intel64_gcc_cc4.6_libc2.15_kernel3.2.0_release/libtbb* /usr/lib/ 
sudo cp -r include/tbb /usr/include/
```
Préparation de SuiteSparse :
On récupère les dernières sources en date et on décompresse :
```
wget http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/SuiteSparse/SuiteSparse-4.2.1.tar.gz 
tar zxvf SuiteSparse-4.2.1.tar.gz
```
Le répertoire SuiteSparse contient l’intégralité de la librairie. On lui adjoint la version 4.0.1 de Metis disponible à l’adresse http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/fsroot/sw/metis/OLD
```
cd SuiteSparse 
wget http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/fetch/sw/metis/OLD/metis-4.0.1.tar.gz 
tar zxvf metis-4.0.1.tar.gz
```
Suite a un ch’tit bug (voir explications section Other packages required : de la SuiteSparse), il faut éditer le fichier metis-4.0/Lib/rename.h et remplacer la dernière ligne du fichier :
#define log2 __log2
par
#define log2 METIS__log2
Pour améliorer les performances, T. Davis sugère de modifier le fichier metis-4.0/Makefile.in comme suit
... CC = gcc ... OPTFLAGS = -O3 ...
Installation sous Linux :
Dans le répertoire SuiteSparse :
```
make 
sudo make install
```

Version 4.0.2

Installation de SuiteSparse 4.0.2 (a suite of sparse matrix software) de Tim Davis sous Matlab et Linux. Effectuée le 18 décembre 2012.

Configuration :

machine :

gpuschwarz

system :

Ubuntu 12.04 LTS (x86_64)

matlab :

R2012b
Liens utiles :
- Tim Davis homepage : http://www.cise.ufl.edu/~davis
- SuiteSparse : http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/SuiteSparse
- Intel’s Threading Building Blocks (TBB) : http://www.threadingbuildingblocks.org
- METIS : http://www-users.cs.umn.edu/~karypis/metis
Installation de Intel’s Threading Building Blocks :
On récupère les sources
```
wget http://threadingbuildingblocks.org/sites/default/files/software_releases/source/tbb41_20121003oss_src.tgz
```
On décompresse
```
tar zxvf tbb41_20121003oss_src.tgz
```
On compile
```
cd tbb41_20121003oss 
make
```
On copie les librairies et les fichiers include. Le répertoire contenant les librairies dépend de la configuration courante de la machine, dans notre cas elles sont dans lib/intel64/cc4.1.0_libc2.4_kernel2.6.16.21/. Il faut donc adapter la première commande :
```
sudo cp  lib/intel64/cc4.1.0_libc2.4_kernel2.6.16.21/libtbb* /usr/lib/ 
sudo cp -r include/tbb /usr/include/
```
Préparation de SuiteSparse :
On récupère les dernières sources en date et on décompresse :
```
wget http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/SuiteSparse/SuiteSparse-4.0.2.tar.gz 
tar zxvf SuiteSparse-4.0.2.tar.gz
```
Le répertoire SuiteSparse contient l’intégralité de la librairie. On lui adjoint la version 4.0.1 de Metis disponible à l’adresse http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/fsroot/sw/metis/OLD
```
cd SuiteSparse 
wget http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/fetch/sw/metis/OLD/metis-4.0.1.tar.gz 
tar zxvf metis-4.0.1.tar.gz
```
Suite a un ch’tit bug (voir explications section Other packages required : de la SuiteSparse), il faut éditer le fichier metis-4.0/Lib/rename.h et remplacer la dernière ligne du fichier :
#define log2 __log2#
par
#define log2 METIS__log2#
Pour améliorer les performances, T. Davis sugère de modifier le fichier metis-4.0/Makefile.in comme suit
... CC = gcc ... OPTFLAGS = -O3 ...

Installation sous Matlab R2012b :
Actuellement la version par default de gcc est la version 4.6.3 or la version supportée avec MEX est la "4.4.6". On installe classiquement la version 4.4 du compilateur (gcc, g++ et gfortran).
Pour forcer Matlab à utiliser la version 4.4 du compilateur, on modifie le fichier ~/.matlab/R2012b/mexopts.sh section glnxa64) comme suit

... CC=’gcc-4.4’ ... CXX=’g++-4.4’ ... FC=’gfortran-4.4’

Si le fichier n’existe pas, lancer Matlab R2012b puis executer la commande mex -setup

>> mex -setup 
 
 
    Options files control which compiler to use, the compiler and link command 
    options, and the runtime libraries to link against. 
 
    Using the ’mex -setup’ command selects an options file that is 
    placed in /home/<...>/.matlab/R2012b and used by default for ’mex’. An options 
    file in the current working directory or specified on the command line 
    overrides the default options file in /home/<...>/.matlab/R2012b. 
 
    To override the default options file, use the ’mex -f’ command 
    (see ’mex -help’ for more information). 
 
The options files available for mex are: 
 
  1: <...>/bin/mexopts.sh : 
      Template Options file for building gcc MEX-files 
 
 
  0: Exit with no changes 
 
Enter the number of the compiler (0-1): 
1 
 
 
<...>/bin/mexopts.sh is being copied to 
/home/<...>/.matlab/R2012b/mexopts.sh 
 
 
************************************************************************** 
  Warning: The MATLAB C and Fortran API has changed to support MATLAB 
           variables with more than 2^32-1 elements.  In the near future 
           you will be required to update your code to utilize the new 
           API. You can find more information about this at: 
           http://www.mathworks.com/help/techdoc/matlab_external/bsflnue-1.html 
           Building with the -largeArrayDims option enables the new API. 
**************************************************************************

Changer les droits sur le fichier et effectuer les modifications précédentes.

Ensuite, sous Matlab R2012b et dans le répertoire SparseSuite, lancer le programme SuiteSparse_install.m

Une fois l’installation terminée, pour utiliser cette librairie, il faudra ajouter

addpath SuiteSparse addpath SuiteSparse/UMFPACK/MATLAB addpath SuiteSparse/CHOLMOD/MATLAB addpath SuiteSparse/AMD/MATLAB addpath SuiteSparse/COLAMD/MATLAB addpath SuiteSparse/CCOLAMD/MATLAB addpath SuiteSparse/CAMD/MATLAB addpath SuiteSparse/CXSparse/MATLAB/UFget addpath SuiteSparse/CXSparse/MATLAB/Demo addpath SuiteSparse/CXSparse/MATLAB/CSparse addpath SuiteSparse/LDL/MATLAB addpath SuiteSparse/BTF/MATLAB addpath SuiteSparse/KLU/MATLAB addpath SuiteSparse/SPQR/MATLAB addpath SuiteSparse/RBio/RBio addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/Factorize addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/MESHND addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/LINFACTOR addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/find_components addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/GEE addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/shellgui addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/waitmex addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/spqr_rank addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/spqr_rank/SJget addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/UFcollection addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/SSMULT addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/dimacs10 addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/spok addpath SuiteSparse/MATLAB_Tools/sparseinv

Installation sous Linux :
Dans le répertoire SuiteSparse :
```
make 
sudo make install
```