Pour récupérer OpenBlas :
Utilisation sur gpuschwarz de la SuiteSparse 4.2.1 (a suite of sparse matrix software) de Tim Davis sous Matlab.
sous Matlab R2012b :
sous Matlab R2013a :
Installation de SuiteSparse 4.2.1 (a suite of sparse matrix software) de Tim Davis sous Matlab et Linux. Effectuée le 28 avril 2013.
Configuration :
machine :
gpuschwarz
system :
Ubuntu 12.04 LTS (x86_64)
matlab :
R2012b/R2013a
Liens utiles :
Tim Davis homepage : http://www.cise.ufl.edu/~davis
SuiteSparse : http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/SuiteSparse
Intel’s Threading Building Blocks (TBB) : http://www.threadingbuildingblocks.org
Installation de Intel’s Threading Building Blocks :
On récupère les sources
wget http://threadingbuildingblocks.org/sites/default/files/software_releases/source/tbb41_20130314oss_src.tgz
Préparation de SuiteSparse :
On récupère les dernières sources en date et on décompresse :
wget http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/SuiteSparse/SuiteSparse-4.2.1.tar.gz tar zxvf SuiteSparse-4.2.1.tar.gz
Le répertoire SuiteSparse contient l’intégralité de la librairie. On lui adjoint la version 4.0.1 de Metis
disponible à l’adresse http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/fsroot/sw/metis/OLD
cd SuiteSparse wget http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/fetch/sw/metis/OLD/metis-4.0.1.tar.gz tar zxvf metis-4.0.1.tar.gz
Pour améliorer les performances, T. Davis sugère de modifier le fichier metis-4.0/Makefile.in comme suit
Installation sous Linux :
Dans le répertoire SuiteSparse :
Installation de SuiteSparse 4.0.2 (a suite of sparse matrix software) de Tim Davis sous Matlab et Linux. Effectuée le 18 décembre 2012.
Configuration :
machine :
gpuschwarz
system :
Ubuntu 12.04 LTS (x86_64)
matlab :
R2012b
Liens utiles :
Tim Davis homepage : http://www.cise.ufl.edu/~davis
SuiteSparse : http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/SuiteSparse
Intel’s Threading Building Blocks (TBB) : http://www.threadingbuildingblocks.org
Installation de Intel’s Threading Building Blocks :
On récupère les sources
wget http://threadingbuildingblocks.org/sites/default/files/software_releases/source/tbb41_20121003oss_src.tgz
Préparation de SuiteSparse :
On récupère les dernières sources en date et on décompresse :
wget http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/SuiteSparse/SuiteSparse-4.0.2.tar.gz tar zxvf SuiteSparse-4.0.2.tar.gz
Le répertoire SuiteSparse contient l’intégralité de la librairie. On lui adjoint la version 4.0.1 de Metis
disponible à l’adresse http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/fsroot/sw/metis/OLD
cd SuiteSparse wget http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/fetch/sw/metis/OLD/metis-4.0.1.tar.gz tar zxvf metis-4.0.1.tar.gz
Pour améliorer les performances, T. Davis sugère de modifier le fichier metis-4.0/Makefile.in comme suit
Installation sous Matlab R2012b :
Actuellement la version par default de gcc est la version 4.6.3 or la version supportée avec
MEX est la "4.4.6". On installe classiquement la version 4.4 du compilateur (gcc, g++ et
gfortran).
Pour forcer Matlab à utiliser la version 4.4 du compilateur, on modifie le fichier ~/.matlab/R2012b/mexopts.sh
section glnxa64) comme suit
>> mex -setup Options files control which compiler to use, the compiler and link command options, and the runtime libraries to link against. Using the ’mex -setup’ command selects an options file that is placed in /home/<...>/.matlab/R2012b and used by default for ’mex’. An options file in the current working directory or specified on the command line overrides the default options file in /home/<...>/.matlab/R2012b. To override the default options file, use the ’mex -f’ command (see ’mex -help’ for more information). The options files available for mex are: 1: <...>/bin/mexopts.sh : Template Options file for building gcc MEX-files 0: Exit with no changes Enter the number of the compiler (0-1): 1 <...>/bin/mexopts.sh is being copied to /home/<...>/.matlab/R2012b/mexopts.sh ************************************************************************** Warning: The MATLAB C and Fortran API has changed to support MATLAB variables with more than 2^32-1 elements. In the near future you will be required to update your code to utilize the new API. You can find more information about this at: http://www.mathworks.com/help/techdoc/matlab_external/bsflnue-1.html Building with the -largeArrayDims option enables the new API. **************************************************************************
Ensuite, sous Matlab R2012b et dans le répertoire SparseSuite, lancer le programme SuiteSparse_install.m
Une fois l’installation terminée, pour utiliser cette librairie, il faudra ajouter
Installation sous Linux :
Dans le répertoire SuiteSparse :