A la fin du paléozoïque, il y a 255 millions d'années, apparaît un groupe de reptiles nommé Archosaures (reptiles souverains).
Au début du mésozoïque, ces archosaures évoluent en trois grandes lignées : les crocodiliens (dont sont issus les crocodiles actuels), les ptérosaures (reptiles volants) et les dinosaures.
Les crocodiles sont, avec les oiseaux, les derniers représentants des reptiles souverains.
Comment les crocodiles sont-ils apparus ?
Les crocodiliens sont issus d'une des trois lignées des Archosaures, apparus il y a environ 225 millions d'années (permien supérieur). Mais à peine les archosaures sont-ils apparus qu'une crise biologique sonne le glas du paléozoïque.
Cette grande extinction (il y a 250 millions d'années) a vu disparaître 85 à 95 % des espèces.
Débute alors l'ère mésozoïque. Dès le trias inférieur, des archosaures survivants, tel Proterosuchus, vont s'installer dans les niches
écologiques vacantes.
Daté du trias moyen, Euparkeria, un petit carnivore de 50 cm, est le premier tétrapode connu qui se déplace parfois sur deux pattes. Avec ses caractéristiques d'archosaure plus évolué, il représente actuellement le chainon qui va mener d'une part aux crocodiliens et d'autre part aux ptérosaures (reptiles volants).
Qui étaient les ancêtres des crocodiles ?
Les premiers crocodiliens, au sens strict, appelés Protosuchiens, sont datés du début du jurassique.
Ce sont probablement de petits prédateurs terrestres, comme Protosuchus, qui sont à l'origine des crocodiles et alligators actuels.
Le deuxième ensemble de crocodiliens est celui des mésosuchiens. Au jurassique inférieur, quelques uns s'adaptèrent même à la vie marine. Leur anatomie est proche des formes actuelles ce qui suppose un mode de vie comparable. Parmi eux, Goniopholis rappelle le crocodile du Nil. Les pholidosauridés, avec leur long museau pourvu de dents pointues, devaient être piscivores, à l'instar des gavials.
Des crocodiliens terrestres plus imposants tels les sébicidés étaient sans doute capables de s'en prendre aux grands mammifères de l'éocène.
Les crocodiles n'ont guère changé d'aspect depuis le jurassique. On trouve souvent des fossiles de crocodiles et de dinosaures dans les mêmes gisements.
Deinosuchus était probablement le plus gros ancêtre du crocodile. Seul son crâne de 2 m a été retrouvé. On estime sa taille à au moins 12 m.

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